1912–1944

Der Verein sieht sich ausweislich seiner Vereinssatzung in der Tradition des am 14. Dezember 1912 in der Eilenburger Schankwirtschaft „Zur Torgauer Höhe“ von acht Minderjährigen gegründeten FC 1912 Eilenburg.

Aufgrund einer Fusion benannte sich der Verein 1919 in „Spielvereinigung 1912 Eilenburg“ um. In der Weimarer Zeit war die Spielvereinigung zumeist in der 2. Klasse des Gaus Nordwestsachsen im Verband Mitteldeutscher Ballsportvereine (VMBV) vertreten. Innerhalb der Stadt konnte sie als bürgerlicher Verein jedoch weder die Spielstärke noch die Beliebtheit der im ATSB organisierten Sportvereinigung Vorwärts Eilenburg erreichen.

Nach der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten und dem Vorwärts-Verbot waren die „Zwölfer“, nunmehr im Kursachsen-Kreis (Gau Mitte) spielend, für kurze Zeit die Nummer 1 der Stadt. Da jedoch die Vorwärts-Sportler nach und nach zur Reichsbahnsportgemeinschaft (RB) Eilenburg wechselten, verlor die SpVgg. 1912 Mitte der 1930er-Jahre diesen Status wieder. Im Juli 1939 fusionierten schließlich die Zwölfer und RB, wobei der Spielbetrieb als RB Eilenburg weitergeführt wurde. Den größten Erfolg erreichte dieser Verein 1943 mit dem Gewinn des Kursachsen-Meistertitels. Aufgrund der kriegsbedingten Umstände wurde das letzte Spiel am 14. November 1944 ausgetragen – danach wurde die Mannschaft abgemeldet.

1945–1990

Nach dem Zusammenbruch des Naziregimes wurden in der sowjetischen Besatzungszone alle bis dahin bestehenden Vereine verboten. Die Löschung des Reichsbahnsportvereins im Vereinsregister erfolgte am 14. Mai 1946. Dennoch wurde auch in Eilenburg weiter Fußball gespielt. Ein Großteil der früheren Reichsbahnsportgemeinschaft fand sich Ende der 1940er-Jahre in der Mannschaft der BSG Fortschritt Eilenburg wieder, deren Trägerbetrieb die Eilenburger Fortschrittwerke waren. Einen beachtlichen Erfolg errang die Mannschaft am 3. August 1949. In der Kampfbahn „Am Zoo“ besiegten die Eilenburger im Endspiel des Landespokals die Vertretung der BSG Waggonbau Dessau mit 3:1 und wurde auf diese Weise erster FDGB- Pokalsieger von von Sachsen- Anhalt. Gemeinsam mit den Dessauern qualifizierte sich die BSG Fortschritt auch für den 1949 erstmals ausgetragenen landesweiten FDGB- Pokal- Wettbewerb. Während die Dessauer den Pokal gewannen und erster DDR- Pokalsieger wurden, schied Fortschritt Eilenburg im Viertelfinale nach einer 1:3-Niederlage beim Zweitligisten BSG Carl Zeiss Jena aus.

1949/50 war die BSG Fortschritt Eilenburg dann innerhalb der DDR- Spielklassen ebenfalls Zweitligist und erreichte zum Saisonende in der Südstaffel der Landesklasse von Sachsen- Anhalt Platz sechs. Am 1. Juli 1950 übernahm der VEB Eilenburger Celluloid- Werk die Trägerschaft für die Betriebssportgemeinschaft, die danach den Namen BSG Chemie Eilenburg führte. Sie spielte bis 1952 weiter in der nach Einführung der DDR- Liga inzwischen drittklassigen Landesklasse. Nachdem im Sommer 1952 in der DDR die Länder zugunsten von Bezirken abgeschafft wurden, änderte sich auch das DDR-Fußball-Ligensystem. An die Stelle der Landesklassen traten die drittklassigen Bezirksligen, Die BSG Chemie Eilenburg wurde zur Saison 1952/53 in die Bezirksliga Leipzig eingegliedert. Dort war die BSG Chemie zunächst drei Spielzeiten lang vertreten, ehe sie 1955 in die Bezirksklasse Leipzig absteigen musste. Diese war nach Schaffung der 2. DDR-Liga  bis 1963 fünftklassig. Bis 1988 wechselten die Eilenburger, die zwischen 1972 und 1976 eine Spielgemeinschaft mit der Armeesportgemeinschaft Vorwärts Eilenburg (SpG Chemie/Vorwärts Eilenburg) bildeten, zwischen Bezirksklasse und Bezirksliga. 1977 wurde der Verein hinter der TSG MAB Schkeuditz Vizebezirksmeister und verpasste knapp den Aufstieg in die DDR- Liga. Im Jahr darauf gewann die BSG Chemie durch einen 5:4-Sieg nach Verlängerung über die BSG Lok Delitzsch den Bezirkspokal und nahm am DDR-weiten Fußballpokal-Wettbewerb 1978/79 teil. Dort unterlag sie zuhause dem Hallenser Bezirksligisten BSG Stahl Thale mit 0:2 im Elfmeterschießen. 1988 stieg die BSG Chemie Eilenburg aus der Bezirksklasse ab, in die sie bis zum Ende des DDR-Fußballspielbetriebes 1991 nicht mehr zurückkehrte.

Seit 1990

In den 1990er Jahren war die Eilenburger Fußballlandschaft von erbitterten Auseinandersetzungen geprägt. Nachdem das Chemiewerk nach der politischen Wende 1990 die Trägerschaft für die Betriebssportgemeinschaft eingestellt hatte, gründeten BSG-Mitglieder im gleichen Jahr den neuen Verein FSV Grün/Weiß Eilenburg. 1998 wurde dieser sächsischer Hallenlandesmeister und unter Trainer Joachim Fritzsche Zweiter der Bezirksliga. Dies konnte jedoch nicht darüber hinwegtäuschen, dass der Verein in Eilenburg hinter dem am 01.07.1994 im IL- Burg- Hotel in Eilenburg- Ost gegründeten, mittlerweile zweimaligen Bezirksmeister MFC Eilenburg (hervorgegangen aus dem Mörtitzer SV), der seit 1997 in der Sachsenliga spielte, in der Stadt erneut nur die Nummer 2 war. Nachdem auch im Folgejahr der Aufstieg in die Landesliga verpasst wurde und sich auch die Fußballer der BSG Lok 1998 bereits dem MFC angeschlossen hatten, kam es 2001 zur Fusion der beiden Eilenburger Vereine.

Als FC Eilenburg spielt der Verein seither in der Spitze des sächsischen Fußballs eine sehr gute Rolle. 2004 gelang unter Trainer Martin Polten der Gewinn des Hallenlandesmeistertitels, der Gewinn des Sachsenmeistertitels und der Aufstieg in die damals viertklassige NOFV- Fußball- Oberliga Nordost, in der sich der Verein fünf Jahre halten konnte. Größter Erfolg war dabei Platz drei in der Serie 2006/07 vor ostdeutschen Traditionsvereinen wie dem FC Sachsen Leipzig, dem Halleschen FC oder dem FSV Zwickau. Von der Saison 2009/10 an spielte der Verein wieder in der Sachsenliga und konnte dort 2010 mit dem 3. Platz und 2014 mit dem 2. Platz hinter der U23  von RB Leipzig im Spitzenfeld mitspielen. In der Saison 2016/17 gelang dem FC Eilenburg mit Trainer Nico Knaubel, schon beim ersten Aufstieg 2004 als Spieler dabei, der erneute Aufstieg in die NOFV- Oberliga.

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